Dentro de sus funciones se encuentra ordenar la impresión de documentos y producción materiales; entregar el presupuesto al que tienen derecho los partidos políticos y candidatos independientes; de igual manera efectuar el escrutinio y cómputo total de la elección para diputados, ayuntamientos y Gubernatura, con base en los resultados consignados en las actas de cómputos distritales y municipales; así como promover el voto y velar por la autenticidad y efectividad del sufragio.

Además, vigila que se cumplan las leyes en términos de paridad e igualdad y verifica que las encuestas o sondeos de opinión sobre preferencias electorales se ajusten a los lineamientos que las rigen.

Si bien esas tareas son determinantes para la organización de elecciones, de forma paralela desarrolla otras que están relacionadas con orientar a la población sobre cómo ejercer los llamados derechos político-electorales; es decir, que las y los mexiquenses sepan que su participación es fundamental al momento de elegir quiénes los representarán en cargos de elección popular.

El IEEM también genera programas de educación cívica y promueve entre la ciudadanía el interés por ser parte de las decisiones democráticas de la entidad y difunde cuáles sus derechos, por ejemplo: Elegir a sus representantes, ser electos para desempeñar cargos de representación; o ejercer la libertad de asociarse pacíficamente.

Para alcanzar sus metas y objetivos, el Instituto cuenta con personal profesional y especializado que contribuye a coordinar tareas, acciones, políticas y estrategias para cumplir con lo establecido en el Plan Anual de Actividades.

Las instancias que lideran los esfuerzos institucionales en el IEEM, conocidos como órganos centrales, son: el Consejo General, la Junta General y la Secretaría Ejecutiva del IEEM, cada uno goza de sus propias atribuciones y de una estructura determinada por la ley.

El Consejo General se conforma por seis consejeras o consejeros y una consejera o consejero presidente, designados por un periodo de siete años. El Consejo se encarga de velar que se cumplan los principios de certeza, legalidad, independencia, imparcialidad, máxima publicidad, objetividad y profesionalismo. También impulsa la equidad de género al interior del IEEM.

En la actualidad este se integra por la Consejera Presidenta, Amalia Pulido Gómez, cinco Consejeras Electorales: Laura Daniella Durán Ceja, Sandra López Bringas, Paula Melgarejo Salgado, Patricia Lozano Sanabria y Karina Ivonne Vaquera Montoya y por un Consejero Electoral: Francisco Bello Corona.

La Junta General está integrada por la Consejera Presidenta; el Secretario Ejecutivo; la Directora Jurídico Consultiva y los Directores de Organización; Administración y de Partidos Políticos. Entre las funciones de la Junta destacan las de proponer al Consejo General las políticas generales; los procedimientos administrativos del Instituto y los programas de: educación cívica, paridad de género; respeto a los Derechos Humanos, entre otros.

Por su parte, el Secretario Ejecutivo funge como representante legal del IEEM y es quien se encarga de proveer todo lo necesario para que los órganos del Instituto ejecuten sus funciones; da seguimiento a todas las actividades del Proceso Electoral; vigila que se cumplan los acuerdos del Consejo General, así como prepara todo lo necesario para las sesiones que este lleva a cabo; además, presenta el anteproyecto de presupuesto a la presidencia del Instituto; entre otras actividades.